Różnica jest bardzo prosta - jeśli link ma nofollow to wujek Google wie, że osoba która zamieszcza taki link nie chce nazwijmy to wspomóż autora podlinkowanej strony - nie dzieli się wartością swojego serwisu z nią. Google generalnie jeśli widzi nofollow to oczywiście taki link może odwiedzić (stronę znaczy się) jednak link taki nie ma z tego punktu widzenia (dla Google) żadnego znaczenia pod kątek pozycjonowania - nie bierze go pod uwagę podczas oceniania wartości takiego serwisu.
Tak to zazwyczaj jest na blogach - możesz pisać na nich masę super fajnych komentarzy, merytorycznych itd., a do tego zamieszczać swój link, który jednak nie wiele znaczy. Oczywiście napisanie dobrego tekstu, komentarza, bogatego w wiedzę jest bardzo wartościowo z punktu widzenia czytelnika, przeglądającego itd. - można sobie wyrabiać opinię eksperta, znawcy itd. jednak z punktu widzenia Google zamieszczony przy takiej wypowiedzi link z nofollow na nic się zda i nie ma wartości.
Ma to oczywiście sens aby chronić swoje blogi, serwisy z wolnym dostępem do komentowania przed spamem, automatami do wpisywania bzdur i linkowania zarazem czy też osobami, które coś tam sobie napiszą (głupoty albo nic merytorycznie dobrego) i ładują do tego linki z nadzieję, że będą one pozycjonować ich stronę.